גדולי ישראל חיברו ספרים רבים עם בירורים שונים בענייני אמונה. לעומת שאר דברי קודש במדע האמונה” ספר הכוזרי הוא קודש קודשים. תלמידו הגדול של מחבר ‘קצות החושן'” כותב באחת מתשובותיו להלכה: “רבינו יהודה הלוי היה באחרית תקופת הגאונים” בדור שלפני הרמב”ם” וספרו קודש קודשים” כידוע”. אין זו מליצה בעלמא” אלא מלים מדויקות מאד שקולות בשקל הקודש. הקדושה במובנה השלם היא שלמות המציאות” כדברי חז”ל “קדוש לעולם קיים”. קדושה היא המציאות בשלמות תוקפה ומציאותה. ד’ הוא הקודש האמיתי” “כי עמך מקור חיים”” וממנו נמשכים גילויי קדושה בעולם. כל מילה ומילה של חז”ל היא עולם מלא” אוצר של חכמה. אם כן מה המובן של “קודש קודשים”? קיים שבקיים. עם ישראל הוא “לב שבאומות”[1]” נשמת המציאות” מרכז החיות של אורגניזם ההוויה כולה. קדושה אלוהית שמימית נמשכת בעולם על ידי קדושת ישראל” כך ולא אחרת. מה שנמשך לא בדרך עם ישראל” הוא עבודה זרה. מהמקור השמימי מגיעה קדושה בעולם דרך “קדושים בכל יום יהללוך סלה”” שנאמר להם “קדושים תהיו כי קדוש אני”. קדושת ישראל נמשכת מהקדוש ברוך הוא: “אתם הדבקים בד’ אלוהיכם”.
יש הרבה ספרים לבירור ענייני אמונה” כספר מורה נבוכים” שכולל הרבה דברים כלליים” וגם קבלת עול מלכות שמים בשכל והבנה. מה שאין כן ספר הכוזרי” שהוא מיוחד בכך שהוא עוסק כולו בסגולת ישראל” כולו עם ישראל. לכן הוא קודש קודשים. על כן” מעת שהתחילה קביעות השם לישיבה המרכזית” קבע אבא הרב זצ”ל לימוד בספר הכוזרי. אין שום אפשרות אחרת. גם ספר ‘אורות’ הוא קודש קודשים. ברור שכל כתבי אבא הרב זצ”ל הם קדושים” אבל ‘אורות’ הוא כולו ישראל” כולו גאולת ישראל ופקודתו” כולו אורו של משיח” על כן הוא קודש קודשים[2].